En estos pueblos, la Gran Asamblea es la máxima autoridad de un pueblo, conformada por la población que pertenece a la casta indígena y por las diferentes expresiones de autoridad del gobierno indígena. Además de la Gran Asamblea están las autoridades tradicionales que son los Consejos de Ancianos o Monéxicos integrados por los mayores y sabios de cada comunidad, siendo éstos cargos vitalicios y por lo general tienen a un Cacique o Alcalde de Vara como coordinador. En conjunto deben garantizar el cumplimiento de los mandatos de la Gran Asamblea, que procura la conservación de las tradiciones, la cosmovisión y espiritualidad.
Las autoridades formales son las denominadas Juntas Directivas Administrativas quienes ejecutan lo que mandate el Consejo de Anciano o Monéxico, y los períodos son limitados en dependencia de lo que estipule cada pueblo, en algunos casos, es de dos años, en otros, es de cuatro años. Son elegidos por voto popular.
En las Leyes No. 40 y 261, Reformas e Incorporaciones a la Ley No. 40, “Ley de Municipios”, La Gaceta No. 162, de 26 de agosto de 1997, se describen las autoridades que funcionan en las comunidades indígenas del Pacífico, Centro y Norte, así como el procedimiento de elección:
Artículo 68. Se entiende por autoridades formales, aquéllas denominadas Juntas Directivas y que se desprenden de la legislación de la materia y de procesos formales de elección. Son autoridades tradicionales en las comunidades indígenas, aquéllas que se rigen por la tradición y la costumbre, como son los denominados Consejos de Ancianos, Consejos de Reforma, Alcaldes de Vara u otra denominación, cuya elección o nombramiento no tiene previsto un reglamento oficial.
Artículo 69. Corresponderá a los Concejos Municipales respectivos de conformidad con las leyes de la materia, asegurar, reconocer y certificar la elección de las autoridades comunitarias de las comunidades ubicadas en el ámbito territorial del Municipio.
De los 22 pueblos, 17 han actualizado sus estatutos, que son las normativas que rigen al pueblo, incluyendo su sistema de gobernanza en donde se especifica las funciones de estas, a la vez los deberes y derechos de los miembros de la casta indígena. Estos estatutos están acorde a la nueva legislatura nacional e internacional en materia de derecho indígena.
En un proceso de fortalecimiento institucional, estos 22 pueblos se organizaron en el Consejo Nacional de Pueblos Indígenas del Pacífico, Centro y Norte de Nicaragua, como única instancia de representatividad, la cual está integrada por los 22 pueblos a través de una autoridad debidamente respaldada y delegada por su pueblo. Desde el año 2012 esta instancia ha promovido procesos que están aportando al desarrollo humano con identidad.