Este municipio fue fundado en 1,911 según afirmación del lingüista nicaragüense Alfonso Valle, su nom- bre proviene de la lengua Chorotega y significa, Pueblo en el Nido de las Aves, los primeros pobladores del municipio fueron tribus chorotegas los que ejercían el poder sobre el mismo mediante el Calpulli sistema que se asemeja al de la municipalidad de hoy.
A la llegada de los españoles el pueblo fue regido por dos alcaldes, un alguacil mayor, dos regidores y un fiscal, la población era obligada pagar un tributo al rey, lo que correspondía 372 pesos con dos reales Existe un documento oficial que data de la época colonial, año 1,747, donde se le da a Totogalpa el nombre de pueblo de Santa María Magdalena de Nueva Segovia.
El municipio de Totogalpa a la fecha cuenta con un comercio y servicios que satisface a los pobladores de sus necesidades básicas; la agricultura y la ganadería se han incrementado existiendo un corredor económico de compra y venta de ganado vacuno con los municipios aledaños Totogalpa comprende 45 comunidades organizadas en 7 micro regiones La forma del municipio es irregular, su terreno es accidentado en la mayor parte del territorio, las comarcas menos escarpadas son Sabana Grande y Santo Domingo Dada las condiciones topográficas del territorio y el tipo de clima caracterizado como de zona seca, generalmente el suelo es utilizado para cultivos de granos básicos con tecnología tradicional Sabana Grande y Santo Domingo son los más aptos para los cultivos de granos básicos y otros, al igual que el sector de San José de Verapaz.
Cuenta con una vegetación semi desértica compuesta por malezas, arbustos y árboles en las zonas poco boscosas como mango, madero negro, aceituno, carbón, quebracho, guasimo, laurel negro, michi- guiste, roble, en algunos lugares se puede encontrar ceiba, caoba, pino, bimbayan, cedro y genízaro Está caracterizado por poseer una fauna reducida a causa del despale, el crecimiento de la frontera agrícola y la acción de los cazadores, la fauna que tiene son venados, palomas, zorros, guardatinajas y guatusas El río Coco sirve de límite municipal entre Totogalpa y Macuelizo, el resto del territorio es irrigado por algunas quebradas y corrientes que en el verano se secan, entre ellas: Palamayca, Las Pozas, Poza Redonda, El Caracol, el Coyolito, La Palmera, el Salto.
La actividad económica predominante en el municipio es la agricultura con el cultivo de granos básicos y en menor escala hortalizas para consumo familiar, la mayor parte de propietarios de ganado vacuno son del sector informal de crianza, venta y consumo Existe una industria de manualidades trabajadas en jícaro, madera, palma, tule y tusa de maíz, lo que atrae a muchas personas a visitar el mu- nicipio para su adquisición El templo católico de nuestra Señora de la Merced destaca por su antigua construcción colonial.